Reamostragem no R

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Reamostragem no R

Mensagem  carladriani em Ter Jan 13, 2015 11:28 am

Olá à todos!

Estou precisando de uma ajuda com o R, e gostaria de saber se alguém conseguiria me dar uma sugestão.
Preciso fazer um script para realizar uma reamostragem com repetição de uma tabela. A tabela em questão é a seguinte:

> tab.ud
                 Genes on chip Differentially regulated genes
Having function F           140                              5
Not having F                760                             57

Partindo desta tabela, eu preciso gerar várias outras (aproximadamente 10000) sobre as mesmas condições, de forma que
as margens das novas tabelas sejam iguais as margens de tab.ud. O que eu fiz até então foi o seguinte:

margin <- margin.table(tab.ud)
marginRow <- margin.table(tab.ud,1)
marginCol <- margin.table(tab.ud,2)

prob1 <- prop.table(tab.ud,1)
prob2 <- prop.table(tab.ud,2)
prob <-prob1*prob2

tab <- t(matrix(rmultinom(1:4,margin,prob=prob), 2, 2, byrow = TRUE))
> tab
    [,1] [,2]
[1,]  139    1
[2,]  763   59

margin2 <- margin.table(tab)
marginRow2 <- margin.table(tab,1)
marginCol2 <- margin.table(tab,2)

marginRow2 == marginRow
marginCol2 == marginCol
> marginRow2 == marginRow
Having function F      Not having F
           FALSE             FALSE
> marginCol2 == marginCol
                Genes on chip Differentially regulated genes
                        FALSE                          FALSE
O processo que preciso fazer é semelhante ao bootstrap, onde no final eu preciso extrair o p.value para as tabelas que possuem as mesmas
margens que tab.ud, e aplicar em uma função.

Se alguém puder me ajudar, ficaria muito grata!
Carla.

carladriani

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