Reamostragem no R
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Reamostragem no R
Olá à todos!
Estou precisando de uma ajuda com o R, e gostaria de saber se alguém conseguiria me dar uma sugestão.
Preciso fazer um script para realizar uma reamostragem com repetição de uma tabela. A tabela em questão é a seguinte:
> tab.ud
Genes on chip Differentially regulated genes
Having function F 140 5
Not having F 760 57
Partindo desta tabela, eu preciso gerar várias outras (aproximadamente 10000) sobre as mesmas condições, de forma que
as margens das novas tabelas sejam iguais as margens de tab.ud. O que eu fiz até então foi o seguinte:
margin <- margin.table(tab.ud)
marginRow <- margin.table(tab.ud,1)
marginCol <- margin.table(tab.ud,2)
prob1 <- prop.table(tab.ud,1)
prob2 <- prop.table(tab.ud,2)
prob <-prob1*prob2
tab <- t(matrix(rmultinom(1:4,margin,prob=prob), 2, 2, byrow = TRUE))
> tab
[,1] [,2]
[1,] 139 1
[2,] 763 59
margin2 <- margin.table(tab)
marginRow2 <- margin.table(tab,1)
marginCol2 <- margin.table(tab,2)
marginRow2 == marginRow
marginCol2 == marginCol
> marginRow2 == marginRow
Having function F Not having F
FALSE FALSE
> marginCol2 == marginCol
Genes on chip Differentially regulated genes
FALSE FALSE
O processo que preciso fazer é semelhante ao bootstrap, onde no final eu preciso extrair o p.value para as tabelas que possuem as mesmas
margens que tab.ud, e aplicar em uma função.
Se alguém puder me ajudar, ficaria muito grata!
Carla.
Estou precisando de uma ajuda com o R, e gostaria de saber se alguém conseguiria me dar uma sugestão.
Preciso fazer um script para realizar uma reamostragem com repetição de uma tabela. A tabela em questão é a seguinte:
> tab.ud
Genes on chip Differentially regulated genes
Having function F 140 5
Not having F 760 57
Partindo desta tabela, eu preciso gerar várias outras (aproximadamente 10000) sobre as mesmas condições, de forma que
as margens das novas tabelas sejam iguais as margens de tab.ud. O que eu fiz até então foi o seguinte:
margin <- margin.table(tab.ud)
marginRow <- margin.table(tab.ud,1)
marginCol <- margin.table(tab.ud,2)
prob1 <- prop.table(tab.ud,1)
prob2 <- prop.table(tab.ud,2)
prob <-prob1*prob2
tab <- t(matrix(rmultinom(1:4,margin,prob=prob), 2, 2, byrow = TRUE))
> tab
[,1] [,2]
[1,] 139 1
[2,] 763 59
margin2 <- margin.table(tab)
marginRow2 <- margin.table(tab,1)
marginCol2 <- margin.table(tab,2)
marginRow2 == marginRow
marginCol2 == marginCol
> marginRow2 == marginRow
Having function F Not having F
FALSE FALSE
> marginCol2 == marginCol
Genes on chip Differentially regulated genes
FALSE FALSE
O processo que preciso fazer é semelhante ao bootstrap, onde no final eu preciso extrair o p.value para as tabelas que possuem as mesmas
margens que tab.ud, e aplicar em uma função.
Se alguém puder me ajudar, ficaria muito grata!
Carla.
carladriani- Mensagens : 1
Data de inscrição : 13/01/2015
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