Como fazer um PCA no R?
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Como fazer um PCA no R?
Pessoal alguém poderia me ajudar? Preciso fazer uma análise de componentes principais (PCA) no R mas não consegui achar os comandos.
Obrigada.
Obrigada.
Patrícia da Silva Santos- Mensagens : 8
Data de inscrição : 13/06/2012
Re: Como fazer um PCA no R?
Não entendi direito em qual ponto está com dúvida, então vou postar apenas dois comandos principais:
modelo<-lm(y~A+B+C+D+E) # criando o modelo, aqui você deve colocar todos os fatores que for analisar
anova(modelo) #criando o quadro da ANOVA
obs: na criação do modelo pode-se usar três tipos de sinais:
1) A+B+C # apenas os componentes principais serão analisados
2) A*B*C # fatorial completo
3) A+B+C+A:B+A:C+B:C # serão analisados os componentes principais e as interações de segunda ordem
O sinal : indica interação de A com B (A:B) e também pode ser usado para indicar interações com mais de dois fatores (A:B:C)
Você pode encontrar mais informações nos capítulos 7 e 8 dessa apostila:
https://estatisticanor.forumeiros.com/t7-ferramentas-estatisticas-basicas
att
Gustavo Mello Reis
modelo<-lm(y~A+B+C+D+E) # criando o modelo, aqui você deve colocar todos os fatores que for analisar
anova(modelo) #criando o quadro da ANOVA
obs: na criação do modelo pode-se usar três tipos de sinais:
1) A+B+C # apenas os componentes principais serão analisados
2) A*B*C # fatorial completo
3) A+B+C+A:B+A:C+B:C # serão analisados os componentes principais e as interações de segunda ordem
O sinal : indica interação de A com B (A:B) e também pode ser usado para indicar interações com mais de dois fatores (A:B:C)
Você pode encontrar mais informações nos capítulos 7 e 8 dessa apostila:
https://estatisticanor.forumeiros.com/t7-ferramentas-estatisticas-basicas
att
Gustavo Mello Reis
Re: Como fazer um PCA no R?
gustavoreis escreveu:Não entendi direito em qual ponto está com dúvida, então vou postar apenas dois comandos principais:
modelo<-lm(y~A+B+C+D+E) # criando o modelo, aqui você deve colocar todos os fatores que for analisar
anova(modelo) #criando o quadro da ANOVA
obs: na criação do modelo pode-se usar três tipos de sinais:
1) A+B+C # apenas os componentes principais serão analisados
2) A*B*C # fatorial completo
3) A+B+C+A:B+A:C+B:C # serão analisados os componentes principais e as interações de segunda ordem
O sinal : indica interação de A com B (A:B) e também pode ser usado para indicar interações com mais de dois fatores (A:B:C)
Oi Gustavo. O PCA a que me refiro é a análise que está na pág 731 do livro do Crawley e não á analise de deviance (GLM). Os comandos estão lá (encontrei-os rsrsr). O fato é que não consigo nem ler a tabela no R, dá erro. Precisava saber primeiro como organizar a tabela e depois entender o que dizem estes comandos....
Mas mesmo assim valeu pela ajuda...
Patrícia da Silva Santos- Mensagens : 8
Data de inscrição : 13/06/2012
Re: Como fazer um PCA no R?
Se me passar os comandos e os dados eu posso dar uma olhada. (não sei onde guardei meu livro do Crawley)
Re: Como fazer um PCA no R?
Gustavo como eu faço p te mandar o Crawley em pdf e minha planilha??gustavoreis escreveu:Se me passar os comandos e os dados eu posso dar uma olhada. (não sei onde guardei meu livro do Crawley)
Patrícia da Silva Santos- Mensagens : 8
Data de inscrição : 13/06/2012
Re: Como fazer um PCA no R?
Fiz uma pesquisa no R e encontrei os dois comandos que possívelmente você deve estar se referindo são eles:
prcomp # para Q-mode PCA
princomp # variâncias calculadas com o divisor N-1
Seus dados devem estar em formato data.frame.
Quando se faz a entrada de dados através do comando read.table ou suas variações os dados já são criados como um data.frame.
Acho que não precisa passar a planilha, nem o livro, apenas me dê mais informações sobre sua dúvida.
prcomp # para Q-mode PCA
princomp # variâncias calculadas com o divisor N-1
Seus dados devem estar em formato data.frame.
Quando se faz a entrada de dados através do comando read.table ou suas variações os dados já são criados como um data.frame.
Acho que não precisa passar a planilha, nem o livro, apenas me dê mais informações sobre sua dúvida.
Re: Como fazer um PCA no R?
gustavoreis escreveu:Fiz uma pesquisa no R e encontrei os dois comandos que possívelmente você deve estar se referindo são eles:
prcomp # para Q-mode PCA
princomp # variâncias calculadas com o divisor N-1
Seus dados devem estar em formato data.frame.
Quando se faz a entrada de dados através do comando read.table ou suas variações os dados já são criados como um data.frame.
Acho que não precisa passar a planilha, nem o livro, apenas me dê mais informações sobre sua dúvida.
Então Gustavo quando tento ler a tabela aparece a msn: dados=read.table("PCA.txt", header=T)
Error in scan(file, what, nmax, sep, dec, quote, skip, nlines, na.strings, :
line 2 did not have 14 elements
ai nào consigo rodar o resto das análises
Patrícia da Silva Santos- Mensagens : 8
Data de inscrição : 13/06/2012
Re: Como fazer um PCA no R?
Nesse caso o problema é na entrada de dados mesmo, realmente essa é uma parte complicada no R, por isso eu sempre procuro utilizar arquivos do tipo .csv.
Caso você tenha esses dados no excel, eu aconselho a você seguir os passos que descrevi nesse tópico:
https://estatisticanor.forumeiros.com/t11-abrir-dados-no-r
Caso seus dados estejam apenas no arquivo .txt, então preciso que você me envie esse arquivo.
Caso você tenha esses dados no excel, eu aconselho a você seguir os passos que descrevi nesse tópico:
https://estatisticanor.forumeiros.com/t11-abrir-dados-no-r
Caso seus dados estejam apenas no arquivo .txt, então preciso que você me envie esse arquivo.
Re: Como fazer um PCA no R?
gustavoreis escreveu:Nesse caso o problema é na entrada de dados mesmo, realmente essa é uma parte complicada no R, por isso eu sempre procuro utilizar arquivos do tipo .csv.
Caso você tenha esses dados no excel, eu aconselho a você seguir os passos que descrevi nesse tópico:
https://estatisticanor.forumeiros.com/t11-abrir-dados-no-r
Caso seus dados estejam apenas no arquivo .txt, então preciso que você me envie esse arquivo.
Gustavo tenho a tabela também em excel. Posso salvá-la no formato cvs e tentar abri-la com esta opção???
Patrícia da Silva Santos- Mensagens : 8
Data de inscrição : 13/06/2012
Re: Como fazer um PCA no R?
Sim.
Eu sempre utilizo arquivos .csv quase nunca tenho problemas. Para ficar ainda melhor eu aconselho a você abrir o excel, copiar apenas as células onde estão os dados e colar em uma nova planilha. A partir dessa nova planilha você gera o arquivo .csv, assim você praticamente elimina todas as possibilidades de erro na entrada de dados. Leia com bastante atenção os passos que eu descrevi no link acima, pois tods detalhes são importantes. Caso queira mais informações no capítulo 2 da apostila (https://estatisticanor.forumeiros.com/t7-ferramentas-estatisticas-basicas) ensina um passo a passo para entrar com dados no formato .csv.
Boa noite!
Eu sempre utilizo arquivos .csv quase nunca tenho problemas. Para ficar ainda melhor eu aconselho a você abrir o excel, copiar apenas as células onde estão os dados e colar em uma nova planilha. A partir dessa nova planilha você gera o arquivo .csv, assim você praticamente elimina todas as possibilidades de erro na entrada de dados. Leia com bastante atenção os passos que eu descrevi no link acima, pois tods detalhes são importantes. Caso queira mais informações no capítulo 2 da apostila (https://estatisticanor.forumeiros.com/t7-ferramentas-estatisticas-basicas) ensina um passo a passo para entrar com dados no formato .csv.
Boa noite!
Re: Como fazer um PCA no R?
gustavoreis escreveu:Sim.
Eu sempre utilizo arquivos .csv quase nunca tenho problemas. Para ficar ainda melhor eu aconselho a você abrir o excel, copiar apenas as células onde estão os dados e colar em uma nova planilha. A partir dessa nova planilha você gera o arquivo .csv, assim você praticamente elimina todas as possibilidades de erro na entrada de dados. Leia com bastante atenção os passos que eu descrevi no link acima, pois tods detalhes são importantes. Caso queira mais informações no capítulo 2 da apostila (https://estatisticanor.forumeiros.com/t7-ferramentas-estatisticas-basicas) ensina um passo a passo para entrar com dados no formato .csv.
Boa noite!
Obrigada pela atenção. Boa Noite.
Patrícia da Silva Santos- Mensagens : 8
Data de inscrição : 13/06/2012
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