Como fazer um PCA no R?

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Como fazer um PCA no R?

Mensagem  Patrícia da Silva Santos em Qui Jun 14, 2012 9:23 pm

Pessoal alguém poderia me ajudar? Preciso fazer uma análise de componentes principais (PCA) no R mas não consegui achar os comandos.
Obrigada.

Patrícia da Silva Santos

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Re: Como fazer um PCA no R?

Mensagem  gustavoreis em Qui Jun 14, 2012 10:22 pm

Não entendi direito em qual ponto está com dúvida, então vou postar apenas dois comandos principais:

modelo<-lm(y~A+B+C+D+E) # criando o modelo, aqui você deve colocar todos os fatores que for analisar

anova(modelo) #criando o quadro da ANOVA

obs: na criação do modelo pode-se usar três tipos de sinais:

1) A+B+C # apenas os componentes principais serão analisados

2) A*B*C # fatorial completo

3) A+B+C+A:B+A:C+B:C # serão analisados os componentes principais e as interações de segunda ordem

O sinal : indica interação de A com B (A:B) e também pode ser usado para indicar interações com mais de dois fatores (A:B:C)


Você pode encontrar mais informações nos capítulos 7 e 8 dessa apostila:

http://estatisticanor.forumeiros.com/t7-ferramentas-estatisticas-basicas

att

Gustavo Mello Reis


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Re: Como fazer um PCA no R?

Mensagem  Patrícia da Silva Santos em Qui Jun 14, 2012 10:29 pm

gustavoreis escreveu:Não entendi direito em qual ponto está com dúvida, então vou postar apenas dois comandos principais:

modelo<-lm(y~A+B+C+D+E) # criando o modelo, aqui você deve colocar todos os fatores que for analisar

anova(modelo) #criando o quadro da ANOVA

obs: na criação do modelo pode-se usar três tipos de sinais:

1) A+B+C # apenas os componentes principais serão analisados

2) A*B*C # fatorial completo

3) A+B+C+A:B+A:C+B:C # serão analisados os componentes principais e as interações de segunda ordem

O sinal : indica interação de A com B (A:B) e também pode ser usado para indicar interações com mais de dois fatores (A:B:C)

Oi Gustavo. O PCA a que me refiro é a análise que está na pág 731 do livro do Crawley e não á analise de deviance (GLM). Os comandos estão lá (encontrei-os rsrsr). O fato é que não consigo nem ler a tabela no R, dá erro. Precisava saber primeiro como organizar a tabela e depois entender o que dizem estes comandos....
Mas mesmo assim valeu pela ajuda...

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Re: Como fazer um PCA no R?

Mensagem  gustavoreis em Qui Jun 14, 2012 10:35 pm

Se me passar os comandos e os dados eu posso dar uma olhada. (não sei onde guardei meu livro do Crawley)

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Re: Como fazer um PCA no R?

Mensagem  Patrícia da Silva Santos em Qui Jun 14, 2012 10:43 pm

gustavoreis escreveu:Se me passar os comandos e os dados eu posso dar uma olhada. (não sei onde guardei meu livro do Crawley)
Gustavo como eu faço p te mandar o Crawley em pdf e minha planilha??

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Re: Como fazer um PCA no R?

Mensagem  gustavoreis em Qui Jun 14, 2012 10:51 pm

Fiz uma pesquisa no R e encontrei os dois comandos que possívelmente você deve estar se referindo são eles:

prcomp # para Q-mode PCA
princomp # variâncias calculadas com o divisor N-1

Seus dados devem estar em formato data.frame.

Quando se faz a entrada de dados através do comando read.table ou suas variações os dados já são criados como um data.frame.

Acho que não precisa passar a planilha, nem o livro, apenas me dê mais informações sobre sua dúvida.

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Re: Como fazer um PCA no R?

Mensagem  Patrícia da Silva Santos em Qui Jun 14, 2012 10:57 pm

gustavoreis escreveu:Fiz uma pesquisa no R e encontrei os dois comandos que possívelmente você deve estar se referindo são eles:

prcomp # para Q-mode PCA
princomp # variâncias calculadas com o divisor N-1

Seus dados devem estar em formato data.frame.

Quando se faz a entrada de dados através do comando read.table ou suas variações os dados já são criados como um data.frame.

Acho que não precisa passar a planilha, nem o livro, apenas me dê mais informações sobre sua dúvida.

Então Gustavo quando tento ler a tabela aparece a msn: dados=read.table("PCA.txt", header=T)
Error in scan(file, what, nmax, sep, dec, quote, skip, nlines, na.strings, :
line 2 did not have 14 elements

ai nào consigo rodar o resto das análises

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Re: Como fazer um PCA no R?

Mensagem  gustavoreis em Qui Jun 14, 2012 11:05 pm

Nesse caso o problema é na entrada de dados mesmo, realmente essa é uma parte complicada no R, por isso eu sempre procuro utilizar arquivos do tipo .csv.

Caso você tenha esses dados no excel, eu aconselho a você seguir os passos que descrevi nesse tópico:

http://estatisticanor.forumeiros.com/t11-abrir-dados-no-r


Caso seus dados estejam apenas no arquivo .txt, então preciso que você me envie esse arquivo.

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Re: Como fazer um PCA no R?

Mensagem  Patrícia da Silva Santos em Qui Jun 14, 2012 11:13 pm

gustavoreis escreveu:Nesse caso o problema é na entrada de dados mesmo, realmente essa é uma parte complicada no R, por isso eu sempre procuro utilizar arquivos do tipo .csv.

Caso você tenha esses dados no excel, eu aconselho a você seguir os passos que descrevi nesse tópico:

http://estatisticanor.forumeiros.com/t11-abrir-dados-no-r


Caso seus dados estejam apenas no arquivo .txt, então preciso que você me envie esse arquivo.

Gustavo tenho a tabela também em excel. Posso salvá-la no formato cvs e tentar abri-la com esta opção???

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Re: Como fazer um PCA no R?

Mensagem  gustavoreis em Qui Jun 14, 2012 11:18 pm

Sim.

Eu sempre utilizo arquivos .csv quase nunca tenho problemas. Para ficar ainda melhor eu aconselho a você abrir o excel, copiar apenas as células onde estão os dados e colar em uma nova planilha. A partir dessa nova planilha você gera o arquivo .csv, assim você praticamente elimina todas as possibilidades de erro na entrada de dados. Leia com bastante atenção os passos que eu descrevi no link acima, pois tods detalhes são importantes. Caso queira mais informações no capítulo 2 da apostila (http://estatisticanor.forumeiros.com/t7-ferramentas-estatisticas-basicas) ensina um passo a passo para entrar com dados no formato .csv.

Boa noite!

gustavoreis
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Re: Como fazer um PCA no R?

Mensagem  Patrícia da Silva Santos em Qui Jun 14, 2012 11:22 pm

gustavoreis escreveu:Sim.

Eu sempre utilizo arquivos .csv quase nunca tenho problemas. Para ficar ainda melhor eu aconselho a você abrir o excel, copiar apenas as células onde estão os dados e colar em uma nova planilha. A partir dessa nova planilha você gera o arquivo .csv, assim você praticamente elimina todas as possibilidades de erro na entrada de dados. Leia com bastante atenção os passos que eu descrevi no link acima, pois tods detalhes são importantes. Caso queira mais informações no capítulo 2 da apostila (http://estatisticanor.forumeiros.com/t7-ferramentas-estatisticas-basicas) ensina um passo a passo para entrar com dados no formato .csv.

Boa noite!

Obrigada pela atenção. Boa Noite.

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Re: Como fazer um PCA no R?

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